黑水经略李旦奉命组织两万黑水经略府大军从松花总管府大举进攻臣服于努尔哈赤的乌拉、锡伯、卦尔察三部，大败驻守乌拉部的舒尔哈齐一万后金兵马，攻占乌拉部，锡伯部、卦尔察部忙主动请降归顺臣服。
陈冲、纳林布禄率三万大军横扫叶赫部故地，与李旦率领的两万黑水经略府大军汇合，随即南下进攻辉发、哈达两部，接连攻破哈达部各城寨，辉发部贝勒拜音达里与其子趁机组织两千部众反攻退守辉发部的舒尔哈齐三千余后金兵，拜音达里父子不敌兵败反遭舒尔哈齐率兵屠杀，舒尔哈齐在辉发部大开杀戒，将拜音达里全族悉数杀光，以震慑辉发部反抗。
陈忠同边备使元均、朱舍里部部长裕楞额率一万余大军大举进攻驻守茂山、讷殷部的费英东，费英东兵败佛多山率两千余残兵败将逃回建州，陈忠、元均、裕楞额率一万余大军配合李旦南北夹攻驻守辉发部的舒尔哈齐，舒尔哈齐血洗辉发部后遭到辉发部部众深恶痛恨，舒尔哈齐面对汉军南北夹攻，辉发部众群起攻击，慌忙率两千残兵败将逃回建州。
曾大牛、藤信康、高从后率一万余大军从宽甸堡向建州发起进攻，攻至栋鄂部兀拉山城，何和礼原配率部众向汉军开城迎降，率部众随汉军直奔后金都城赫图阿拉城杀来。
陈冲、纳林布禄、李旦、曾大牛、陈忠、元均、裕楞额率四路六万大军直奔后金建州老巢赫图阿拉城杀来，一路势如破竹，直捣黄龙，四路大军遥相呼应，接连攻破建州外围各部城寨，逐渐困死退守建州的舒尔哈齐、费英东等后金留守文武。
陈仁杰、查大受率一万余大军攻打抚顺城，费英东之父索尔果率两千余后金军驻守抚顺。陈仁杰在浑河南岸指挥炮军发炮猛轰抚顺城，守城后金军被轰炸得死伤惨重。
查大受率一万辽东兵在炮火掩护下扛着攻城梯冲过浑河直抵抚顺城下，纷纷架起攻城梯奋勇攻城，一举攻上抚顺城，杀得守城后金军溃败而逃，后金守将索尔果被辽东将士斩杀。
陈冲、纳林布禄率三万汉军攻入辽东边墙，接连攻下辽海卫、铁岭卫，与随后渡河赶来的董一元、布塔施里两万大军汇合，随即出兵南下。
王安海携杜桐、陈大虎、何崇奇、王保等统率六万大军北上赶来沈阳城外，加上沈有容统率的五万大军，以及董一元、布塔施里两万大军共计十三万人马对沈阳城展开合围进攻。
陈瀚率天子三军虎贲军、御林军、禁卫军出山海关抵达辽阳城，一路捷报频传，努尔哈赤已被汉军主力围困在沈阳城中，陈瀚下旨不得放走后金一兵一卒，同时下旨命陈冲统率四路兵马对后金建州老巢进行犁庭扫穴，彻底摧毁一切。
困守沈阳城的努尔哈赤及后金将领面对汉军重兵围困，纷纷做困兽犹斗，将沈阳城中汉人、女真人尽数组织起来，守城兵力达到七八万，残酷激烈的沈阳决战爆发。
王安海统率各路汉军在沈阳城四门外备战攻城，陈大虎、佟养正率三万大军进攻城南保安门、杜桐、杨绍勋率三万大军进攻城西永昌门，董一元、何崇奇率三万大军进攻城北镇边门，沈有容、王保率三万大军进攻城东永宁门，王安海率一万大军督战进攻。
郑彦武调集炮军三百余门舰炮、大将军炮在沈阳城四门部署炮阵，翟忠义率飞天营第一营第三团也忙着准备升空参战，郑彦武亲自在城南保安门外指挥炮军下令道：“发炮进攻”
炮军将领高呼下令道：“放”
‘轰轰……’城南炮军近百门舰炮、大将军炮率先发炮猛轰，呼啸抛射的炮弹直奔沈阳城南保安门城门、城墙袭来。城东、城西、城北三门也接连不断响起惊雷炮声，呼啸抛射的炮弹纷纷朝着沈阳城城墙、城门袭来，硝烟浓罩着整个沈阳城。
镇守沈阳城南保安门的扈尔汉见汉军发炮进攻，忙高呼下令道：“快发炮进攻”
投降后金的汉奸李永芳忙朝着炮兵下令道：“放”
‘轰轰……’城墙上不下六十门后金军舰载加农炮、大将军炮、佛朗机炮纷纷发炮反击，随即遭到汉军一通炮弹袭来，汉军炮弹在城墙上炸响，城墙上的火炮被炸得东倒西歪，指挥后金炮兵的李永芳也被炮弹炸得残肢断臂横飞。
城墙上的后金将士被炸得残肢断臂血雨纷飞，鬼哭狼嚎惨呼声不断响起：“啊啊……”
“快跑”守城后金军民被汉军凶猛的炮火轰炸惊吓得惶恐不安，不少汉人百姓被后金军强征带来守城，纷纷趁机逃下城去，甚至还有不少女真人也跟着趁机逃下城去。
梁雄同翟忠义、令占率飞天营、飞天团两百余个飞球借着城南炮军炮火硝烟弥漫掩护飞抵城南城墙上空，飞天营将士朝着下方城墙上狂扔炮弹、火药包、手雷轰炸，城墙上被炸得一片飞沙走石，后金将士被炸死炸伤或砸死砸伤，一片尸横遍地，哀鸿遍野。
汉军工兵营将士在炮火掩护下抬着小船，抱着木桩、木板冲到三丈宽的沈阳城外护城河边，忙在三尺深的护城河上架起浮桥、木桥。
一身戎装的陈大虎在马上挥手下令道：“进攻，拿下沈阳城。”
“冲啊”老将佟养打马带头率辽东兵冲锋在前扛着攻城梯发起冲锋进攻，火枪营、弓弩营将士纷纷在护城河外朝着城墙上开枪放箭压制守城后金军，迫击炮营将士扛着迫击炮冲到城外迅速部署炮阵发炮猛轰城墙上后金军，掩护攻城大军。
扈尔汉也被汉军炮弹轰炸受伤不轻，本想率守军拼死抵抗，奈何汉军炮弹不断轰炸得后金守军将士不敢轻易冒头，一听城外枪声炮声停止，扈尔汉忙挥刀疾呼下令道：“别让汉军攻上城墙，杀……。”
“杀……”守城后金军与冲杀上来的汉军将士拼杀起来，死伤惨重的后金军兵力捉襟见肘，顾此失彼，迅速被汉军冲杀上城墙来，汉军将士占领一段城墙后忙组织火枪营、弓弩营列阵开枪放箭射杀后金将士，迫击炮营也在城下发炮猛轰集结的后金军，炸得后金军根本难以组织起大规模反击，汉军将士迅速攻占各处城墙，杀得后金军节节败退。
努尔哈赤亲自镇守的城东永宁门一带城墙也随即被汉军攻陷，努尔哈赤也被炮弹轰炸受伤，加上在辽阳一战负伤未愈，新伤加旧伤更加严重，但依旧坚守城墙拼死抵抗，做困兽犹斗。
‘轰轰……’沈有容见努尔哈赤一直坚持在永宁门城楼上指挥后金军迎战，下令炮军舰炮瞄准永宁门城楼发炮猛轰，永宁门城楼被数十门舰炮一通猛轰，城楼轰然坍塌下来，下方的后金军将士连同努尔哈赤一同被掩埋。
杜桐、杨绍勋率三万大军在炮军、飞天营轰炸掩护下也迅速攻上城西永昌门，董一元、何崇奇率三万大军在炮军、飞天营轰炸掩护下也攻上城北镇边门。
四门汉军接连不断攻入城中，打开城门，汉军蜂拥攻入城中，杀得后金文武及女真人尸横遍野，血流成河，城中汉人也纷纷跟着痛打落水狗，迁徙到沈阳城中的五六万女真人尽数被屠杀殆尽。
沈有容下令汉军将士忙在永宁门城楼废墟中寻找努尔哈赤尸体，各路将领闻讯纷纷带兵赶来争抢努尔哈赤尸体，汉军将士七手八脚从废墟中找到努尔哈赤尸体，随即遭到争抢战功的各路汉军将士挥着刀剑一通砍杀，各自分得几段尸首抱着赶去登记报功。
陈冲统率四路大军围攻后金建州老巢赫图阿拉城，进行犁庭扫穴，将所遇建州城寨夷为平地，将所有建州男子尽数杀光，只留下年轻妇人女子，汉军攻陷佛阿拉城后，一把火烧毁佛阿拉城。
后金都城赫图阿拉城数万部众被各路汉军围攻俘获，舒尔哈齐、费英东接连被汉军炸死杀死，陈冲下令一把火将赫图阿拉烧个精光，彻底摧毁建州，将被俘建州年轻妇人女子押解到辽阳城献俘阙下。
陈瀚在辽阳城北镇远门接受东征各路大军将士献俘阙下，下令将近万建州战俘男子斩首，筑成京观，震慑不臣之心部落，将俘获年轻妇人女子赏赐给将士为妾为仆。
陈瀚下令设辽东省、辽西省，辽东省省城辽阳府，下辖辽东都司辽河以东及乌拉河（松花江上游）以西海西、建州各部，平壤府、元山府以北皆划归辽东省管辖。乌拉河以东由黑水道管辖，辽西省省城设在大宁城，管辖辽西走廊、蒙古左翼各部及原索伦汗国南部呼伦贝尔草原广大地区。