大明京师失陷的消息传到成都，紧接着陈瀚在长安称帝建立天汉的消息也随之传来。张位、邢玠、谭希思一众明朝官员认为国不可一日无君，当速拥立蜀王为帝。
蜀王府以应天府南京城皇宫为蓝本，缩小规制而建。北起东西御河，南到红照壁，东至东华门，西达西华门，周长2500多米，面积38公顷多。蜀王府坐北朝南，王宫内处处殿阁楼台、金碧辉煌。中轴线上的建筑主要有承运门、承运殿、端礼殿、昭明殿等。
承运殿内，一身冕服的蜀王朱宣圻端坐皇位上，在张位、邢玠、谭希思、牛秉忠、刘承嗣、朱文达等文武拥立下称帝，一众明朝残余文武纷纷三呼道：“吾皇万岁，万岁，万万岁。”
蜀王朱宣圻挥手示意道：“众卿平身”
“谢皇上”
蜀王府宦官拿出登基诏书宣读道：“奉天承运皇帝，诏曰：
…………，勉循众请，于万历二十二年六月十八日告祭天地于南京（成都）城南，即皇帝位于南京（成都）。…………，恭诣太庙，追尊四代考妣为皇帝皇后。立社稷于京师。立世子奉铨为皇太子。布告天下，咸使闻知。”
朱宣圻在蜀王府称帝，建立南明王朝，改元弘武，以张位为首辅，川贵总督邢玠为次辅，四川巡抚谭希思为吏部尚书，陕西总兵牛秉忠为兵部尚书，其余文武皆有加封，同时还加封云南巡抚陈用宾为兵部尚书兼云贵总督，加封黔国公沐昌祚为沐王。
南明小朝廷迅速成立后，张位、邢玠收拢接连战败逃来成都的残兵败将三万余人，加上张位、牛秉忠率领的三万救援成都明军共计六万余大军，南明朝廷决定分兵抵御三路大举进攻的十余万汉军。
林江统率东路十万汉军接连攻破重庆府西部各县，攻入成都府境内，接连攻下内江、资县、资阳，在简州攻破刘承嗣统率两万明军驻守的阳安关，俘获万余明军，刘承嗣败逃回成都。
陆启航率东海海军第二编队三万水陆大军沿涪江（嘉陵江）逆流而上，与薛长风统率的三万余南下汉军攻陷顺庆府后出兵西进接连攻破潼川州各县，攻下成都府绵州，从成都府东北平原冲杀下来。
李毅、胡彪统率五万水陆大军接连攻下泸州、叙州府各县卫所，两万东海海军第二编队水陆大军也随后赶来，李毅胡彪统率六万水陆大军沿岷江逆流而上，接连攻破朱文达率两万明军驻守的嘉定州、眉州各县，直抵成都城南。
陆启航、薛长风统率五万汉军接连攻破成都府北部德阳、汉州，直奔成都府城杀来。南明小朝廷面对三路二十万汉军即将围攻成都府，张位、邢玠商议后决定放弃成都南逃雅州，借助雅州一带的险要地形及土司兵马阻止汉军大举进攻。
南明小朝廷三万兵马护送着朱宣圻及蜀王藩宗室打开城西清远门出逃，刚逃到岷江东岸准备渡江赶往崇庆州，遭到李毅、胡彪率领的三万水陆大军发炮阻止，陆启航、林江随后统率八万步骑赶来，将南明小朝廷围困在岷江东岸。
邢玠在马上疾呼下令道：“快向北突围”
“快向北突围……”明军将领纷纷高呼下令道：“快冲出去……”
‘轰轰……’岷江上的汉军战船上的迫击炮营在胡彪指挥下再次发炮猛轰，轰炸得明军将士死伤惨重，鬼哭狼嚎惨呼声不断响起：“啊啊……”
“朕不逃了”一身龙袍格外醒目的朱宣圻面对汉军重重围困，朝着文武官员明军将士下令道：“快向汉军迎降，快迎降。”
‘轰轰……’陶翔统率飞天营顺风赶来朝着南明小朝廷残兵败将一通炮弹、火药包、手雷轰炸，炸得数万南明文武、蜀王藩宗室、明军将士死伤惨重，凄凉惨呼声不绝于耳：“啊啊……”
“护驾，皇上，皇上被座驾压住了，快救驾。”朱宣圻所乘战马被炮弹击中倒下，将朱宣圻压住，一众南明文武慌忙去救朱宣圻，却见朱宣圻已经没了气息，一众南明文武纷纷嚎啕大哭道：“天要亡我大明啊”
一身鱼鳞明光板甲头戴红缨钢盔的林江在马上高呼下令道：“传令下去，降者不杀，顺我天汉者昌，逆我天汉者亡。”
传令兵纷纷打马高呼传令道：“主帅有令，降者不杀，顺我天汉者昌，逆我天汉者亡。……。”
汉军将士纷纷高呼道：“降者不杀，顺我天汉者昌，逆我天汉者亡。……”
“我们愿降，我们愿降……。”阵前的明军将士接连不断弃械跪地请降，身后的明军将士也纷纷跟着弃械跪地迎降。
汉军火枪营将领见还有较少明军及南明文武不愿投降，当即下令道：“放铳”
‘砰砰……’千余名明军将士及南明文武没有投降之意，随即遭到汉军开枪射杀，尽数倒在血泊之中。
邢玠、张位、牛秉忠、刘承嗣等文武被炮弹炸死或被射杀，朱文达、刘綎、吴广等被俘获或投降汉军。南明小朝廷从建立到灭亡不到半月结束，已至天汉朝廷修《明书》时不将其当做政权看待。
汉军攻破大明京城的消息也迅速传到甘肃镇各卫所，驻守凉州的三边总督李汶打算拥立肃王朱绅尧称帝，遭到甘肃巡抚田乐、总兵王允中、副总兵王鸣鹤等文武一致反对，双方关系一度紧张起来。
大明灭亡已成既定事实，甘肃巡抚田乐派人与甘肃总兵王允中联系阻止李汶拥立肃王朱绅尧，同时派使者赶往兰州向天汉西征军主将李承勋表明愿主动归顺，请李承勋派兵阻止李汶拥立肃王朱绅尧为帝。
李承勋正与尤继先统率五万汉军从兰州城渡河大举进攻占据大小松山地区的蒙古右翼多罗土蛮部，迅速收复黄河北岸一带，李承勋与尤继先兵分两路出击，接连击破突袭进攻的多罗土蛮部首领着力兔率领的部众。
着力兔忙向大小松山之中的松山堡撤退，李承勋、尤继先率四万汉军东西夹攻松山堡，围攻着力兔及其部众，凭借着百余门各类火炮一举攻破松山堡，俘获多罗土蛮部妇孺部众万余人，斩杀着力兔在内的贵族数百人，留下五千汉军将士驻守松山堡，将俘获的多罗土蛮部妇人女子分给驻军将士为妻妾，施行军民完全融合发展。
李承勋得知三边总督李汶在凉州欲拥立肃王朱绅尧为帝，留下尤继先率五千汉军接管庄浪卫，李承勋亲率三万大军进攻凉州卫，直抵凉州卫城下，甘肃总兵王允中也率一万余大军赶来凉州城西。
李承勋派人在城外要求凉州明军主动开城迎降，惶恐不安的凉州城中明军将士纷纷打开城门向城外汉军迎降，李承勋率汉军攻入城中，宁夏总兵萧如薰率一万余宁夏精兵迎降，肃王朱绅尧也率肃王府宗室迎降。固执的李汶不愿迎降，在总督府自尽殉国。
甘肃总兵王允中率甘肃各卫所将士主动归顺汉军，李承勋率汉军接管甘肃河西走廊防务，在归顺的明军边军中抽调精锐收编入大军，提拔骁勇善战下级将领，加大整顿力度，监察司监官向刚整编的将士大力宣传汉军军纪及优渥待遇，整肃军风，河西军风大变，大改以往明军陋习。
归顺的将领接受随军军学院教官宣传培训考核，跟着汉军将士加紧操练配合作战，准备出兵塞外痛击鞑子建功立业，获得封赏。