骆尚志、刘雄率四万大军从湖州府攻入南直隶，一举攻下广德州，北上进攻应天府。陈大虎、刘庆也率四万大军分别攻下池州府、宁国府，陈大虎率两万余大军、民兵在东海海军第二编队第三舰队游击薛长风配合下渡江进攻安庆府。
刘庆率两万余大军及招募的民兵、收编的降军攻入太平府，沿江东下与从应天府北上的骆尚志大军合兵攻下太平府城当涂后再次兵分两路，刘庆率三万大军直奔南京城杀去，骆尚志弃明归汉多少有些愧疚之心，因此不愿领兵攻打南京，同刘雄率四万大军渡江北上进攻庐州府。
王安海率海军编队沿大江西进，接连攻取崇明、海门、通州、江阴、靖江、泰兴等沿江各州县所，直奔镇江府杀来，宋河宋江父子接到汉王陈瀚旨意，忙组织起漕行武装五千余人迅速控制扬州府至淮安府运河一带，接应汉军。
驻守镇江府城外的林宏接到军令后忙率两千余汉军及组建的民兵配合沿江杀来的海军编队迅速控制镇江府城丹徒，王安海随即出兵沿江西进负责统领各路大军攻打南京城。
吴炎正率两千汉军及组建的三千民兵驻守在庐州府霍山县参与明军围剿逃进大别山中的王自简一伙白莲教残余，吴炎接到军令后忙率五千大军南下协助陈大虎攻打安庆府。
陈大虎在薛长风率海军舰队配合下一举攻下安庆府城，随即与南下的吴炎五千大军汇合后横扫安庆府，沿大江北岸东下接连攻下庐州府庐江、无为州，横扫和州，直奔应天府江北江浦县杀来。
骆尚志、刘雄率四万汉军渡江攻下巢县，兵临庐州府城合肥，庐州知府顾汝学、合肥知县邓光祚组织城中军民三千余人抵抗，遭到汉军火炮猛轰城门城墙，汉军一举攻破庐州城南南薰门、德胜门，攻占庐州城，庐州知府顾汝学、知县邓光祚向骆尚志请降。
王自简趁乱杀出大别山大肆劫掠一番，遭到骆尚志率两万步骑兵追杀，于霍山县斩杀王自简，俘获两千余白莲教乱贼，交由军谍司、监察院监官甄别后处置，骆尚志随即率兵攻取淮南各州县，完成军务院制定的初期战略目标。
林勇率一千余汉军驻守苏州府城北平门外虎丘，前两广总督凌云翼纵容族人横行乡里，甚至在江南大运河上私设关卡收税，与漕行一度发生武装冲突，林勇派兵阻止双方扩大冲突后遭到凌云翼记恨，没少给林勇使绊子。
林勇接到军令后率一千余大军及招募组建的五千骁勇善战民兵突袭进攻平门，一举攻入苏州城，三百余漕行武装也积极配合林勇从城南盘门攻入苏州府，迅速攻占苏州府城，林勇亲自带兵抓捕祸乱苏州的税使孙隆。
苏州城内外的百姓、织工、染工、桑农纷纷响应汉军惩奸除恶，迅速包围税署，狂扔乱石击毙孙隆的爪牙黄彦节，助纣为虐的汤莘、丁元复等苏州土豪劣绅的住宅也被包围，林勇派兵逮捕孙隆、汤莘、丁元复等作恶多端爪牙土豪劣绅，查封其家产没收充公，将其中部分钱财退还苏州百姓，汉军获得苏州百姓衷心支持。
林勇控制苏州府城后与从松江府北上杀来的何崇奇大军汇合，出兵攻取昆山、太仓州、嘉定、常熟，抓捕前两广总督凌云翼及其为祸乡里作恶多端的族人，没收家产充公，罪大恶极者被斩首示众，以平民愤。
何崇奇随即率兵北上在漕行武装配合下一举攻下常州府，何崇奇、林勇、林宏、张洋等汉军将领在江南各府县组织民兵、乡勇抓捕作恶多端的达官贵族、土豪劣绅，抄没其家产，分发不少钱财粮食给贫苦百姓，退还其侵占百姓田产，同时严惩贪官污吏。
汉军控制下的江南各省纷纷掀起打倒达官贵族、土豪劣绅、严惩贪官污吏浪潮，劣迹斑斑的江南各省达官贵族土豪劣绅们纷纷遭到清算，家产被充公没收，大肆兼并侵占的田产被退还原主，重审冤假错案。
汉军将士在江南各省查封作恶多端的土豪劣绅家产没收充公征集了巨大钱财及不少粮食，部分用于赈济分发给贫民，大部分都由户司统一清点充公。
陆启航率东海海军第二编队南下洞庭湖，配合陈寅顺江而下攻打长沙府，长沙知府夏应星面对汉军南北两路夹攻，长沙府即将成为孤城，忙组织起长沙军民一万余人守城，吉王朱翊銮也派出王府卫队参与守城。
长沙城沿湘水而建，东城墙有小吴门和浏阳门，南边只有一座正南门，西边城门最多，由南向北分别有德润门、临湘门、草场门、通货门，北边是湘春门和新开门。
长沙府是大明藩王封置最多，先后有潭王朱梓、谷王朱橞、襄宪王朱瞻墡（后徙藩襄阳）、吉简王朱见浚及其子孙，藩王虽对明王朝在长沙府乃至湖湘地区的统治起到一定稳定作用，但也极大地加重了长沙百姓的负担。
先后就藩长沙府的明朝藩王岁禄、王庄田地都划分在长沙府，王府的各种供支、劳役都加派到长沙百姓头上，明廷财政拮据，以长沙土地广阔、出产谷粟，加派荆（蕲州）、辽（荆州）、荣（常德）、楚（武昌）、岷（武冈）等五王府的禄米和襄王府（襄阳）柴薪，共值白银8万多两。
沉重的负担让长沙百姓苦不堪言，不少长沙地方官员也深有怨气，疾呼道：“宗藩日盛，长沙之民不胜其苦矣！”
汉军大举北伐南北两路夹攻长沙府，夏雷、夏应星父子先后出任长沙知府，在长沙府素有民望，因此能很快组织起万余军民守城，但汉军北伐檄文的出现让守城军民也开始心生动摇。
陆启航率东海海军第二编队平底战船三十余艘沿湘水顺风逆流航行，直抵长沙城北湘春门外，发炮猛轰守城军民，守城军民顿时死伤惨重，长沙百姓本就对大明朝廷、藩王加派的各种苛捐杂税不满，遭到汉军炮轰死伤不轻后纷纷趁乱而逃。
陈寅也在城南正南门发炮进攻，一举轰破正南门外的瓮城，随即再次发炮猛轰城内城门，正南门城门也被轰开，两万汉军将士、民兵扛着攻城梯、小船、木板搭起浮桥，蜂拥冲杀攻城，一举攻上城墙，迅速攻入长沙城，守城长沙军民纷纷跪地请降。
汉军迅速控制长沙城，俘获长沙知府夏应星等一众长沙文武，围攻吉王府，吉王朱翊銮率吉王藩宗室投降，陈寅下令没收吉王藩所有钱财土地、王庄，拿出部分钱财粮食赈济贫苦百姓，获得长沙百姓踊跃支持，
林江率十二万西路大军、民兵攻下宝庆府城邵阳后出兵西进，攻入辰州府及靖州，分兵控制辰州府、靖州，直奔湖广巡抚郭惟贤驻守的沅州杀来，湖广巡抚郭惟贤早已接到汉军大举攻入湖广的军情，忙派人赶往播州前线向总理张位禀报。
面对汉军西路大军犹如神兵天降般突然攻打到辰州府沅州，湖广巡抚郭惟贤吓得慌忙率所部万余军民丢弃大量辎重逃往贵州境内躲避，不少服徭役的湖广民夫纷纷逃散，或投奔汉军。
林江轻易攻取沅州后迅速出兵攻下铜仁府、思州府，兵锋直抵贵州巡抚江东之镇守的镇远府，缴获明军从湖广运来的大量粮草辎重。林江下令西路大军停止继续进攻，巩固攻下的各府州县，抽调将士接应随后运送辎重赶来的民兵、乡勇，为迎战明军反攻做好准备。